截止2020年4月，内设机构共计24个，其中，党群、职能管理及后勤服务部门11个，包括：公司办公室（党委办公室）、党群工作部、战略发展部、人力资源部（党委组织部）、财务资产部、生产经营管理部、总工程师办公室、工会、纪委办公室、工程数字中心、综合服务管理中心；直属生产部门11个，包括：规划院、工程设计一院、工程设计二院、环境市政设计院（环境移民设计所）、机电设计院（新能源设计所）、工程勘察院、工程测绘院、勘探公司、工程建设管理公司、检测中心、工程咨询中心；全资子公司1个：甘肃甘兰水利水电勘测设计院有限责任公司；参股公司1个：古浪县雍和新能源投资有限责任公司。